股权转让协议在存在无效情形时将被认定为无效，如涉及无民事行为能力人参与、虚假意思表示、违法行为或违背公序良俗等情况。根据《民法典》的相关规定，这些无效情形会使协议自始不具有法律约束力，可能引发纠纷并导致损失扩大及法律责任的产生。
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针对股权转让协议无效的问题，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式处理。在选择处理方式时，应考虑效率、成本、保密性以及双方关系等因素。对于希望保持良好关系的双方，协商和调解是较为合适的选择；而对于争议较大或需要强制执行的情况，则更适合选择仲裁和诉讼途径。
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在股权转让协议被认定为无效时，应首先明确无效的原因，如涉及无效情形中的无民事行为能力人、虚假意思表示等。根据不同原因，采取相应的处理措施，如协商退款、恢复原状、追究法律责任等。同时，务必保留相关证据，以维护自身权益。在处理过程中，应严格遵循《民法典》等法律法规的规定，确保处理方式的合法性和有效性。